论文查重系统的比对算法主要包括基于文本相似度计算的方法和基于特征提取的方法。基于文本相似度计算的方法通过比较文本之间的相似度来判断是否存在抄袭行为，常用的算法包括余弦相似度算法、Jaccard相似度算法等。而基于特征提取的方法则是通过提取文本的特征信息，如词频、词向量等，来进行比对。这些算法可以有效帮助学术界和出版社检测论文抄袭行为，维护学术诚信。

除了常见的文本相似度计算和特征提取方法外，论文查重系统的比对算法还可以结合机器学习和深度学习技术，如使用神经网络模型进行文本表示学习和相似度计算。这些技术能够更加精确地识别文本之间的相似度，提高查重系统的准确性和效率。此外，一些基于自然语言处理的算法也被应用于论文查重系统中，如词嵌入技术和语义分析算法，进一步提升了系统的性能和功能。